「喰う・書く・逃げる」に棲む処

 動物に関するデータ分析者のブログです

2021-01-01から1年間の記事一覧

Mclustの高速化

R

R言語でEMアルゴリズムのクラスタリングを実行してくれるパッケージの一つにMclustがあります。 ただ、初期設定で実行すると fitting ... |=============================================| 100% こんな感じでプログレスバーがコンソールに表示されます。特…

RでWindowsのパスをそのまま認識させる

R

RでWindowsのパスを認識させるとき\がエスケープシーケンスなので\\こんな風に書き直すか/と置き換える必要があります。 しかし、Rのver.4からr"(文字)"と書くとエスケープシーケンスが含まれていてもパスとして読めるようになっています。 path <- r"(C:\Us…

区別可能な要素の組み合わせを生成するRプログラム

"A", "B", "C", "D" 上記のような4つの要素を組み合わせてグループ化(最小1グループ~最大4グループ)すると 1: A = B = C = D (1グループ) 2: A = B = C ≠ D (2グループ) (3~14は省略) 15: A ≠ B ≠ C ≠ D (4グループ) の15通り作れます。 これをRで…

Rで並列処理

R

Rでマルチコアでループ処理させたい時にはdoParallelパッケージを使うと便利です。 使い方 registerDoParallel(detectCores()) foreach(x=c(1: n),.combine = "rbind",.export = "自作関数とか変数とか")%dopar%{ ~処理~ return(何か) } stopImplicitClust…

Google ColabでPythonのバージョンを変更(Miniconda経由)

condaコマンドを使えるようにすることで、Pythonのバージョンを自在に変えられるようになるっぽいです。 Minicondaをインストールします。 %%bash MINICONDA_INSTALLER=Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh MINICONDA_DOWNLOAD_HP=https://repo.anaconda.…

PythonでArcGISとQGISをAnaconda環境以外で使う方法

Anacondaの場合 設定が楽だけど、exe化できない(かも) ArcGIS conda install -c esri arcpy もしくは conda install -c esri arcgis QGIS conda install -c conda-forge qgis Anaconda環境外の場合 ArcGIS 最近まで、conda install か ArcGIS Pro以外から…